高校生にして日本屈指の名探偵・工藤新一は、幼馴染みの毛利蘭と遊園地へ遊びに行く。
新一はそこで謎の組織の取引現場を目撃するが、組織のもう一人の仲間に気付かず殴り倒されてしまう。
新一を殺す為に組織の男が飲ませた毒薬は何故か新一を幼児化させてしまった。小さくなった新一は正体を隠しながら謎の組織を追う為に、周りには新一の親戚、江戸川コナンだと名乗る。
コナンは父親、毛利小五郎が探偵をやっている蘭の家へ居候し、謎に包まれた黒の組織を追う為、探偵として事件を解き続ける。