幕末の京都。便りの途絶えた父を捜しに来た男装姿の少女・千鶴は、夜の路地裏で浪人に襲われ逃げる途中、人間とは思えぬ異形の者に遭遇。異形の者を一撃で倒し、窮地の千鶴を救ったのは新選組だった。新選組と一緒に父を捜すことになった千鶴は、やがて新選組の闇、自身の出自にまつわる秘密を知ることになり……。